Верховный Суд Республики Марий Эл является федеральным судом общей юрисдикции, действующим в пределах соответствующей республики, и непосредственно вышестоящей судебной инстанцией по отношению к мировым судьям, районным (городским) судам, действующим на территории Республики Марий Эл.

На основании статьи 25 Федерального конституционного закона «О судах общей юрисдикции в Российской Федерации» Верховный Суд Республики Марий Эл в соответствии с установленной федеральными законами подсудностью рассматривает дела в качестве суда первой, апелляционной и кассационной инстанций, по новым или вновь открывшимся обстоятельствам, а также осуществляют иные полномочия в соответствии с федеральными законами.

Вышестоящими судебными инстанциями по отношению к Верховному Суду Республики Марий Эл являются Четвертый апелляционный суд общей юрисдикции, Шестой кассационный суд общей юрисдикции,  Верховный Суд Российской Федерации.